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Hi,</div>
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I've been working on reading Fluorescence MRXS files for a project (they are near identical to brightfield ones, just with extra RGB tiles for extra channels despite what the rant on the open microscopy page says) using openslide's excellent resources (<a href="https://openslide.org/formats/mirax/">MIRAX
 format (openslide.org)</a>, <a href="https://lists.andrew.cmu.edu/pipermail/openslide-users/2012-July/000373.html" id="LPlnk594875">
Introduction to MIRAX/MRXS (cmu.edu)</a>). I was wondering if anyone could explain to me the last bit I've not quite understood, which is the low resolution levels where multiple scanner images are combined into a single tile. These appear to have an index
 that when used to look up the location in the position file puts the composite tile in more-or-less the right place, but not exactly. The error seems slightly different for each tile, but there seems to be a systematic shift in both horizontal and vertical
 position as well as a random one. The introduction to MRXS says:
<pre>In order to render this tile, we have to separately extract the 
pixels corresponding to each camera position -- many of which are 
fractional pixels due to repeated downsampling -- and render them in 
their correct positions at sub-pixel resolution.</pre>
</div>
<div class="_Entity _EType_OWALinkPreview _EId_OWALinkPreview _EReadonly_1"></div>
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However, in the file I have the tiles at this resolution seem to be coherent (i.e. no junk in the middle). However, the index isn't quite right. I'm  not exactly sure how to "<span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">render
 them in </span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">their correct positions" as I'd assume the index would be correct at least for the top left part of the tile.</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
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I note Openslide renders the first 3 channels of these type of slides "correctly" (in location anyway) as RGB, ignoring the subsequent channels. What I'm not sure is whether Openslide renders the low resolution composite tiles, or ignores them (which is what
 I'm doing for now, but it makes rendering at low resolution a bit slow). </div>
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Any pointers appreciated!</div>
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Thanks</div>
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<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">
Derek</div>
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