<div dir="auto">Is the image dark or any chance the contrast and or max/min or window settings are just set improperly?   With 12 or 16 bit images sometimes at least in other formats I've seen it where the image range is set from 0 to 2x16 but the image is only hundreds or thousands of units bright.. so basically everything looks black because the range is goofed..</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Jun 27, 2020, 8:38 PM Sowrirajan Sowmithran <<a href="mailto:ssowmith94@gmail.com">ssowmith94@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Sorry for the late reply.<div><br></div><div>Much thanks Dr. Cupitt for your suggestion.</div><div><br></div><div>No matter what region I read for a MIRAX file I keep getting the dark region only. On the other hand I have no difficulties with the svs file.</div><div>One additional question is how do I determine the tile-size and block size of the MIRAX file. I knew from the post by Benjamin that "<span style="color:rgb(0,0,0)">CameraImageDivisionsPerSide" = 4 means a 4x4 blocks but what is the actual size of this tile?</span><br></div><div><br></div><div><a href="https://lists.andrew.cmu.edu/pipermail/openslide-users/2012-July/000373.html" target="_blank" rel="noreferrer">https://lists.andrew.cmu.edu/pipermail/openslide-users/2012-July/000373.html</a>  <br></div><div><br></div><div>Any help is much appreciated.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Jun 13, 2020 at 5:40 AM <<a href="mailto:jcupitt@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">jcupitt@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">On Fri, 12 Jun 2020 at 17:57, Sowrirajan Sowmithran<br>
<<a href="mailto:ssowmith94@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">ssowmith94@gmail.com</a>> wrote:<br>
> On trying to apply the openslide_readRegion() function to get the desired part (random area) of the data, I end up getting a dark image instead (all 0s). Does this have something to do with the MIRAX format or the region being empty? If it is the later how do I determine which region has data and display it?<br>
<br>
0 means transparent (ie. the slide background colour), so you are<br>
probably reading outside the image area. I would check the openslide<br>
bounds:<br>
<br>
                "openslide.bounds-x",<br>
                "openslide.bounds-y",<br>
                "openslide.bounds-width",<br>
                "openslide.bounds-height"<br>
<br>
And make sure you are inside them. You could also open the image file<br>
in a viewer and note the position of some real pixels.<br>
<br>
John<br>
_______________________________________________<br>
openslide-users mailing list<br>
<a href="mailto:openslide-users@lists.andrew.cmu.edu" target="_blank" rel="noreferrer">openslide-users@lists.andrew.cmu.edu</a><br>
<a href="https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
openslide-users mailing list<br>
<a href="mailto:openslide-users@lists.andrew.cmu.edu" target="_blank" rel="noreferrer">openslide-users@lists.andrew.cmu.edu</a><br>
<a href="https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users</a><br>
</blockquote></div>