<div dir="ltr"><div>Dear John, <br></div><div><br></div><div>thank you so much! I have managed to get tiles from my .svs file. I have two questions now:</div><div><br></div><div>A) Of the image tiles I got, many do not have any informative data, e.g. showing the background for example. How can I remove those?</div><div><br></div><div>B) Some tiles are out of focus, is there a way to remove them as well?</div><div><br></div><div>Thanks again!<br></div><div><br></div><div>Best</div><div>Sied<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Am Mi., 11. Dez. 2019 um 09:49 Uhr schrieb <<a href="mailto:jcupitt@gmail.com" target="_blank">jcupitt@gmail.com</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Sied,<br>
<br>
On Wed, 11 Dec 2019 at 06:56, Angelos Pappas <<a href="mailto:angelos@smartcode.gr" target="_blank">angelos@smartcode.gr</a>> wrote:<br>
> You can use vips to create Deep Zoom images using the following command:<br>
><br>
> vips dzsave yourslide.svs yourdzdirectory<br>
<br>
dzsave will make a deepzoom pyramid by default, so a series of levels,<br>
with overlapping tiles at each one.<br>
<br>
It has quite a few options -- try:<br>
<br>
    vips dzsave yourslide.svs yourdzdirectory --overlap 0 --tile-size<br>
512 --depth one<br>
<br>
And it'll only write the top layer (highest res) of the pyramid, tiles<br>
will be 512 x 512, and there will be no overlap. Use --suffix .png if<br>
you want PNG tiles.<br>
<br>
You can run it from Python with:<br>
<br>
    import pyvips<br>
    image = pyvips.Image.new_from_file("yourslide.svs")<br>
    image.dzsave("yourdzdirectory", overlap=0, tile_size=512, depth="one")<br>
<br>
There's a chapter in the libvips manual introducing dzsave:<br>
<br>
<a href="https://libvips.github.io/libvips/API/current/Making-image-pyramids.md.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://libvips.github.io/libvips/API/current/Making-image-pyramids.md.html</a><br>
<br>
You can also simply crop out tiles in Python:<br>
<br>
    import pyvips<br>
    image = pyvips.Image.new_from_file("yourslide.svs")<br>
    tile = image.crop(124878, 232445, 512, 512)<br>
<br>
John<br>
_______________________________________________<br>
openslide-users mailing list<br>
<a href="mailto:openslide-users@lists.andrew.cmu.edu" target="_blank">openslide-users@lists.andrew.cmu.edu</a><br>
<a href="https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users</a><br>
</blockquote></div>