<div dir="ltr">Thank you so much for the help!   <div><br></div><div>I have highlighted how my problem is resolved. </div><div><br></div><div>1) I used skimage.transform.resize rather than cv2.resize to downsample my image</div><div><br></div><div>2) <span style="font-size:12.8px">openslide_read_region(osr, d*x, d*y, 0, d * w, d * h) ; where d is the number of times the image gets downsample from level_0 </span></div><div><span style="font-size:12.8px">(yes, x and y need to be multiplied by d !)</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">3) Works perfectly! </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">4) Lesson learned: cv2.resize shifts pixels in some strange manner. </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Thanks again!</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Stephen </span></div><div><span style="font-size:12.8px"> </span></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 9, 2017 at 12:33 PM, Benjamin Gilbert <span dir="ltr"><<a href="mailto:bgilbert@cs.cmu.edu" target="_blank">bgilbert@cs.cmu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span>On Fri, Jun 09, 2017 at 10:02:23AM -0400, Stephen Yip wrote:<br>
> The roi is defined on level 2 and read_region read the level 0 coordinate.<br>
> I thus want to map that to level 0 coordinate to get the corresponding<br>
> "cropped patch".<br>
><br>
> What is the corresponding level 0 coordinate and size of the roi that is<br>
> defined on level 2?<br>
<br>
</span>If openslide_get_level_downsample<wbr>(osr, l) == d,<br>
openslide_read_region(osr, x, y, l, w, h) maps to<br>
openslide_read_region(osr, x, y, 0, d * w, d * h).<br>
<div class="m_-4419111666380938625m_-5561951652253090368HOEnZb"><div class="m_-4419111666380938625m_-5561951652253090368h5"><br>
--Benjamin Gilbert<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
openslide-users mailing list<br>
<a href="mailto:openslide-users@lists.andrew.cmu.edu" target="_blank">openslide-users@lists.andrew.c<wbr>mu.edu</a><br>
<a href="https://lists.andrew.cmu.edu/mailman/listinfo/openslide-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.andrew.cmu.edu/m<wbr>ailman/listinfo/openslide-user<wbr>s</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>