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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I am working with OpenSlide Python. Most of my work with OpenSlide has been on Linux, but I now have need of some cross platform software. I was developing in Ubuntu and tried to run the same code under windows, but consistently get an
error under Windows.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">This has failed on all svs files I have tried. All the files have an embedded label, thumb, and macro image. I can read all of them using the code below on Linux, but I can only read the label image under Windows.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Windows:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:.5in">python: 2.7.3 (default, Apr 10 2012, 23:31:26) [MSC v.1500 32 bit (Intel)]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:.5in">openslide-python version: 1.1.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:.5in">openslide library_version: 3.4.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Linux:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:.5in">python: 2.7.2+ (default, Jul 20 2012, 22:15:08) [GCC 4.6.1]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:.5in">openslide-python version: 1.1.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:.5in">openslide library_version: 3.4.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><u>Output on Linux:<o:p></o:p></u></p>
<p class="MsoNormal"><u><o:p><span style="text-decoration:none"> </span></o:p></u></p>
<p class="MsoNormal">python: 2.7.2+ (default, Jul 20 2012, 22:15:08) <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[GCC 4.6.1]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">version: 1.1.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">library_version: 3.4.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">associated_images.keys: [u'label', u'macro', u'thumbnail']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">label: (680, 683)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">macro: (1600, 598)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">thumb: (666, 768)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><u>The error I get under Windows is:<o:p></o:p></u></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Traceback (most recent call last):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Users\tcornis3\Dropbox\development\qtTesting\issue.py", line 27, in <<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">module><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> macroIm = slide.associated_images['macro']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\__init__.py", line 258, in __get<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">item__<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> return lowlevel.read_associated_image(self._osr, key)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 249, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">associated_image<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> _read_associated_image(slide, name, buf)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">WindowsError: exception: access violation reading 0x00000000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">**<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Openslide:ERROR:src/openslide-decode-tiff.c:699:_openslide_tiffcache_destroy: as<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">sertion failed: (tc->outstanding == 0)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Please contact the application's support team for more information.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><u>The code and a small sample svs can be downloaded from here:<o:p></o:p></u></p>
<p class="MsoNormal"><u><o:p><span style="text-decoration:none"> </span></o:p></u></p>
<p class="MsoNormal">https://dl.dropboxusercontent.com/u/6703139/_small.svs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">https://dl.dropboxusercontent.com/u/6703139/issue.py<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><u>The code is also here:<o:p></o:p></u></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">#!/usr/bin/python<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">import sys<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">import os<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">import openslide<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">from openslide import *<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">svsPath = r'_small.svs'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">slide = openslide.OpenSlide(svsPath)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">print 'python: ',sys.version<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">print 'version: ',openslide.__version__<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">print 'library_version: ', openslide.__library_version__<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">print 'associated_images.keys: ',slide.associated_images.keys()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">try:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> labelIm = slide.associated_images['label']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print 'label: ',labelIm.size<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">except OpenSlideError, e:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print 'error reading label'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print e<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">try:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> macroIm = slide.associated_images['macro']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print 'macro: ',macroIm.size<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">except OpenSlideError, e:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print 'error reading macro'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print e<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">try:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> thumbIm = slide.associated_images['thumbnail']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print 'thumb: ',thumbIm.size<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">except OpenSlideError, e:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print 'error reading thumb'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print e<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">slide.close()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
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