
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Arial;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi,<br>

<br>

Since our lab has acquired a Zeiss Axio-Scan scanner, we are interested in adding a czi reader to OpenSlide (that we are already using to read other WSI images). We already had a few contacts with Benjamin Gilbert, but it must be better to ask my questions

 using this mailing list.<br>

<br>

The CZI format has been entirely specified by Zeiss and, contrary to most formats present in OpenSlide, does not use a tiff base, even though the principles are shared. A file contains several subblocks, each containing a subimage which can be compressed (jpeg

 or jpegXR mainly) or not, as well as metadata stored in the file as xml blocks.<br>

<br>

To follow up the question I asked to Mr Gilbert regarding the file supposed to host czi-related code, I am not comfortable with having all of it in a single openslide-zeiss-vendor.c source, especially since it would deal both with file stream reading (decoding

 of the hard directories/subblocks/attachments structure) and with more high-level, microscopy-related treatment (metadata, grid-building, subimages decoding...).<br>

I would rather have the stream reading separated and placed in a different source file along with a clear API (which would resemble the tiff decoder). I understand that it is different from what has been done before, but maybe the issue had never been on the

 table because none of the previous formats had such a specification ? (the only one I see coming close is MIRAX).<br>

If you still prefer to have everything in one big source, I will obviously go this way.<br>

<br>

Thanks a lot for your time.<br>

<br>

Best regards,<br>

Yaël Balbastre<br>

<div><br>

<font face="Arial" size="2"><font color="003366"><b>Yaël Balbastre</b></font> - PhD student<br>

<b>CEA/DSV/I²BM/MIRCen/LMN<br>

Image Processing Team - bioPICSEL</b><br>

<i>18 route du Panorama - BP6<br>

9226<font size="2">5</font> FONTENAY-AUX-ROSES CEDEX<br>

FRANCE</i><br>

<b>T</b> 33 (1) 46 54 92 83</font></div>

</div>

</body>

</html>