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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">We are converting a number of SVS files to DZI using openslide and the python deepzoom_tile.py script.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">All of the files tried so far work, but one file gives us an ‘OpenSlideError: 00000000: expected a marker instead of 4880’
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">This is an SVS JPEG2k/KDU file with embedded ICC and label, macro, thumbnail. Any thoughts?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks, Toby<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The full output is here (up until a ctrl-c):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">deepzoom_tile.py -r 266981.svs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Process TileWorker:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Traceback (most recent call last):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\Lib\multiprocessing\process.py", line 258, in _bootstrap<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">P rocess TileWorker:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> self.run()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Users\tcornis3\Desktop\openslide stuff\openslide-python-master\exampl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">es\deepzoom\deepzoom_tile.py", line 62, in run<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">T tile = dz.get_tile(level, address)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\deepzoom.py", line 122, in get_t<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ile<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">raceback (most recent call last):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = self._osr.read_region(*args)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\__init__.py", line 214, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> level, size[0], size[1])<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 178, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">File "C:\Python27\Lib\multiprocessing\process.py", line 258, in _bootstrap<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> _read_region(slide, buf, x, y, level, w, h)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> self.run()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 103, in _check<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">_error<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Users\tcornis3\Desktop\openslide stuff\openslide-python-master\exampl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">es\deepzoom\deepzoom_tile.py", line 62, in run<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> raise OpenSlideError(err)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">OpenSlideError: 00000000: expected a marker instead of 4880<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = dz.get_tile(level, address)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\deepzoom.py", line 122, in get_t<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ile<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = self._osr.read_region(*args)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\__init__.py", line 214, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> level, size[0], size[1])<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 178, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> _read_region(slide, buf, x, y, level, w, h)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 103, in _chec<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">k_error<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> raise OpenSlideError(err)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">OpenSlideError: 00000000: expected a marker instead of 4880<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Process TileWorker:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Traceback (most recent call last):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\Lib\multiprocessing\process.py", line 258, in _bootstrap<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> self.run()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Users\tcornis3\Desktop\openslide stuff\openslide-python-master\exampl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">es\deepzoom\deepzoom_tile.py", line 62, in run<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = dz.get_tile(level, address)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\deepzoom.py", line 122, in get_t<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ile<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = self._osr.read_region(*args)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\__init__.py", line 214, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> level, size[0], size[1])<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 178, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> _read_region(slide, buf, x, y, level, w, h)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 103, in _chec<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">k_error<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> raise OpenSlideError(err)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">OpenSlideError: 00000000: expected a marker instead of 4880<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Process TileWorker:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Traceback (most recent call last):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\Lib\multiprocessing\process.py", line 258, in _bootstrap<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> self.run()<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Users\tcornis3\Desktop\openslide stuff\openslide-python-master\exampl<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">es\deepzoom\deepzoom_tile.py", line 62, in run<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = dz.get_tile(level, address)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\deepzoom.py", line 122, in get_t<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ile<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tile = self._osr.read_region(*args)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\__init__.py", line 214, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> level, size[0], size[1])<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 178, in read_<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">region<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> _read_region(slide, buf, x, y, level, w, h)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> File "C:\Python27\lib\site-packages\openslide\lowlevel.py", line 103, in _chec<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">k_error<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> raise OpenSlideError(err)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">OpenSlideError: 00000000: expected a marker instead of 4880<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">KeyboardInterrupt<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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